Nach der Reformation, um 1530, schlossen sich die Waldschwestern zu einer Gemeinschaft zusammen und zogen in die Vordere Au, wo 1483 ein neues Holzhaus erstellt worden war. Hier verfügten sie auch über eine kleine Kapelle. Um 1600 wurde ein neues Konventgebäude mit einer Kapelle gebaut. Den täglichen Gottesdienst besuchten die Schwestern aber weiterhin in der Einsiedler Klosterkirche.
1617 erfolgte der Anschluss an den Benediktinerorden, was für die Schwestern eine bedeutende Entwicklung in spiritueller Richtung war. Der Einsiedler Abt Augustin I. Hofmann, Bruder der damaligen Frau Mutter Justitia Hofmann, unterstützte seine Schwester tatkräftig.
1683 wurde im Kloster Au in folge neuer Vorgaben des Konzils von Trient die Klausur eingerichtet. Dies wurde möglich durch den Umbau des alten Holzhauses Vordere Au zum Gästehaus. Die übrigen Klosterräume waren nun ausschliesslich den Schwestern vorbehalten. In der Nacht des 1. Februars 1684 brannten die Gebäude samt Kirche nieder. Bereits 1687 waren dank grosszügiger Spenden Kirche und Kloster auf den bestehenden Grundmauern wiederaufgebaut, was den Schwestern erlaubte, ihr benediktisches Leben weiter zu pflegen.
Am 10. Januar 1984 wurde das Benediktinerinnenkloster zu Allen Heiligen in der Au offiziell zu einer Abtei erhoben.